Sbírka hodin patří k největším a druhově a výtvarně nejbohatším sbírkám interiérových hodin u nás. Vedle torza pozdně gotických interiérových hodin jsou zde vesměs signované kovové hodiny renesanční věžové a dózové, barokní hodiny skříňkové a skříňové, které tvořily součást interiéru. Období klasicismu reprezentují hodiny sochařsky tvarované — bronzové francouzské a vídeňské, dřevěné, bohatě řezané a zlacené české a moravské.

19. století zastupují hodiny empírové a sloupkové z doby biedermeieru, často s hracími strojky. Kolem poloviny 19. století se objevují nástěnné hodiny rámové a obrazové, na ně navazují různé typy hodin historizujících a secesních. Unikátem jsou kovové hodiny kubistické dle návrhu Josefa Gočára.

Součástí sbírky je cenný konvolut stolních hodin slunečních a bohatá sbírka astronomických a měřících přístrojů z doby rudolfinské (signované práce Erasma Habermela).